Marie-Thérèse chết vì bệnh viêm phổi vào ngày 19 tháng 10 năm 1851, ba ngày sau lễ kỷ niệm 58 năm ngày hành quyết mẹ mình. Bà được chôn cất bên cạnh chú/bố chồng, Charles X và chồng và, Louis XIX, trong hầm mộ của nhà thờ tu viện dòng Franciscan Castagnavizza ở Görz, sau đó ở Áo, nay là Kostanjevica ở thành phố Nova Gorica của Slovenia. Giống như người chú đã khuất của mình, Marie-Thérèse vẫn là một tín đồ Công giáo La Mã sùng đạo.

Sau đó, cháu trai của bà là Henri, vương phi của Chambord, người đàn ông cuối cùng của dòng dõi cao cấp của Hạ viện Bourbon; vợ ông, comtesse de Chambord (trước đây là Nữ công tước Marie-Thérèse của Áo-Este, con gái của Công tước Francis IV của Modena và vợ ông, Công chúa Maria Beatrice của Savoy); và em gái duy nhất của ông, Louise, Nữ công tước xứ Parma, cũng được an nghỉ trong hầm mộ ở Görz. Công tước Blacas thời cổ đại nổi tiếng cũng được chôn cất ở đó để vinh danh những năm tháng phục vụ chu đáo của ông với tư cách là bộ trưởng của Louis XVIII và Charles X.

Marie-Thérèse được miêu tả trên bia mộ của bà là "Thái hậu của Pháp", ám chỉ đến thời kỳ cai trị 20 phút của chồng bà với tư cách là Vua Louis XIX của Pháp.

Bí ẩn "Nữ bá tước Bóng tối"

Vào tháng 10 năm 2013, ngôi mộ của một phụ nữ ở Hildburghausen, Thuringia, Đức, đã được khai quật để lấy ADN xét nghiệm, nhằm xác định xem bà có phải là Marie-Thérèse hay không.[30] Người phụ nữ, tên là Sophie Botta, sống trong một lâu đài trong khu vực từ năm 1807 cho đến khi bà qua đời năm 1837, và không bao giờ nói chuyện trước đám đông,[31] hoặc được nhìn thấy bên ngoài mà không che mặt.[30] Cùng đi với cô là Leonardus Cornelius van der Valck, một thư ký của đại sứ quán Hà Lan ở Paris từ tháng 7 năm 1798 đến tháng 4 năm 1799, và họ cùng nhau được biết đến với cái tên Bá tước Bóng tối. Van der Valck gọi Botta là 'Quý ngài' và họ chỉ nói với nhau bằng tiếng Pháp.[32] Một số nhà sử học Đức tin rằng người là Marie-Thérèse thật,[31] đã đổi chỗ cho người chị nuôi, và có thể là em gái nuôi, Ernestine Lambriquet sau cuộc cách mạng.[30] Có thể do bà quá chấn thương để tiếp tục vai trò trong xã hội,[30] nhưng cũng có thể là do mang thai, sau khi bị những kẻ bắt giữ lạm dụng, được đề cập trong một bức thư từ một người bạn của gia đình, tại Tòa án Tây Ban Nha vào năm 1795. [31]

Kết quả xét nghiệm DNA cho thấy nữ bá tước bóng tối không phải là Marie-Thérèse, mà là một người phụ nữ khác mà danh tính vẫn còn là một bí ẩn. Vào ngày 28 tháng 7 năm 2014, chương trình 'Interestssenkreis Dunkelgräfin' đã phát sóng kết quả chứng minh rằng Dunkelgräfin không phải là Marie-Thérèse trên truyền hình. [33]